ONT全长转录组应用3探索疾病发病新机制

近些年来，随着转录组测序技术的推广和普及，大家对测序技术本身的要求越来越高了，比如碱基准确性、测序周期、reads读长、转录本水平的定量、结构分析的准确性。三代测序技术从最初的蛰伏到现在的高歌猛进，在解决转录本精确定量和“仿真”的结构分析方面确实是有质的飞跃，这技术平台的一小步，在科研圈是实打实的一大步。日后，生物体的调控网络可以细化到同一个基因的不同转录本水平，这无疑提升了对生命调控机制复杂性的认知水平。ONT全长转录组测序是基于牛津纳米孔公司（OxfordNanoporeTechnologies，ONT）三代测序平台，当碱基通过纳米孔时，会产生不同的阻碍作用，纳米孔两端施加有电压，因此会产生不同的电信号变化，通过识别不同的电信号来判读碱基信息。相较于二代转录组，ONT全长转录组实验过程中，无需打断，直接获取转录本。5ˊ到3ˊ高质量全长序列，而且做到实时测序。全长转录组测序无需组装，直接获得单分子全长mRNA信息，同时可准确鉴定基因的可变剪接（alternativesplicing,AS）、可选择性多聚腺苷酸化（APA）、融合转录本（fusiontranscripts）、基因家族和非编码RNA等信息。在真核生物中，由于基因的结构性变异，存在可变剪接等事件，产生多种转录本，这就对二代转录组测序造成了巨大的挑战，其组装的转录本重构准确率也比较低。利用二代短序列测序来检测融合基因存在一些问题：基因组重复序列以及多比对率比较高使得检测结果不准确。

接下来我们一起分享一下医学疾病方向ONT全长转录组测序技术的应用，为疾病的发病机制，精准治疗等提供新的理论基础。

案例一：慢性淋巴细胞白血病中SF3B1突变的全长转录本特征揭示了内含子保留的下调英文题目：Full-lengthtranscriptcharacterizationofSF3B1mutationinchroniclymphocyticleukemiarevealsdownregulationofretainedintrons期刊：Nature

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